2023/11/30 更新

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ワタナベ ヤスノリ
渡邊 康紀
WATANABE Yasunori

研究分野

  • ライフサイエンス / 構造生物化学

出身大学

  • 北海道大学  薬学部

    2008年03月,卒業

出身大学院

  • 北海道大学  大学院生命科学院  生命科学専攻

    修士課程,2010年03月,修了

  • 北海道大学  大学院生命科学院  生命科学専攻

    博士課程,2013年03月,修了

取得学位

  • 博士(薬科学),北海道大学,2013年03月

学外略歴

  • 北海道大学大学院,日本学術振興会特別研究員(DC1),2010年04月 ~ 2013年03月

  • 名古屋大学大学院,博士研究員,2013年04月 ~ 2014年03月

  • 京都産業大学,日本学術振興会特別研究員(PD),2014年04月 ~ 2017年03月

  • 京都産業大学,研究員,2017年04月 ~ 2017年05月

  • 愛媛大学大学院,助教,2017年06月 ~ 2020年05月

 

研究テーマ

  • 全ての生物の細胞を形作る生体膜がどのように作られるのか興味があります。生体膜の材料であるリン脂質は細胞内のタンパク質によって作られますが、どうやってリン脂質を作っているのかタンパク質の立体構造から解明する研究を行なっています。
    膜の生合成に関わるタンパク質は様々な病気の原因にもなることが知られているので、創薬研究へ発展させることも視野に入れています。

論文

  • Molecular evolutionary insight of structural zinc atom in yeast xylitol dehydrogenases and its application in bioethanol production by lignocellulosic biomass.,Scientific reports,13(1) 1920,2023年02月

    Yoshiwara K, Watanabe S, Watanabe Y

    単著

  • Crystal Structure of l-2,4-Diketo-3-deoxyrhamnonate Hydrolase Involved in the Nonphosphorylated l-Rhamnose Pathway from Bacteria.,Biochemistry,62(2) 524-534,2022年12月

    Fukuhara S, Watanabe S, Watanabe Y, Nishiwaki H

    単著

  • Crystal structure of L-arabinose 1-dehydrogenase as a short-chain reductase/dehydrogenase protein.,Biochemical and biophysical research communications,604 14-21,2022年03月

    Watanabe S, Yoshiwara K, Matsubara R, Watanabe Y

    共著(国内のみ)

  • Crystal structure of Tam41 cytidine diphosphate diacylglycerol synthase from a Firmicutes bacterium.,Journal of biochemistry,171(4) 429-441,2021年12月

    Kimura K, Kawai F, Kubota-Kawai H, Watanabe Y, Tomii K, Kojima R, Hirata K, Yamamori Y, Endo T, Tamura Y

    単著

  • Crystal structures of aconitase X enzymes from bacteria and archaea provide insights into the molecular evolution of the aconitase superfamily.,Communications biology,4(1) 687,2021年06月

    Seiya Watanabe, Yohsuke Murase, Yasunori Watanabe, Yasuhiro Sakurai, Kunihiko Tajima

    共著(国内のみ)

  • Impaired phosphatidylethanolamine metabolism activates a reversible stress response that detects and resolves mutant mitochondrial precursors.,iScience,24(3) 102196,2021年03月

    Sam PN, Calzada E, Acoba MG, Zhao T, Watanabe Y, Nejatfard A, Trinidad JC, Shutt TE, Neal SE, Claypool SM

    共著(海外含む)

  • Crystal structure of L-rhamnose 1-dehydrogenase involved in the non-phosphorylative pathway of L-rhamnose metabolism in bacteria.,FEBS letters,2021年01月

    Kentaroh Yoshiwara, Seiya Watanabe, Yasunori Watanabe

    共著(国内のみ)

  • 生体膜主要リン脂質ホスファチジルエタノールアミン生合成機構の構造生物学的解明,公益財団法人日揮・実吉奨学会 研究報告集,38 127-133,2021年

    渡邊 康紀

    単著

  • Crystal structure of bacterial L-arabinose 1-dehydrogenase in complex with L-arabinose and NADP.,Biochemical and biophysical research communications,530(1) 203-208,2020年09月

    Kentaroh Yoshiwara, Seiya Watanabe, Yasunori Watanabe

    共著(国内のみ)

  • Biochemical and structural characterization of L-2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase: A unique catalytic mechanism in the Class I aldolase protein superfamily.,Biochemistry,2020年07月

    Watanabe S, Watanabe Y, Nobuchi R, Ono A

    共著(国内のみ)

  • Functional and structural characterization of a novel L-fucose mutarotase involved in non-phosphorylative pathway of L-fucose metabolism,BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS,528(1) 21-27,2020年07月

    Watanabe Yasunori, Watanabe Seiya, Fukui Yasutaka, Nishiwaki Hisashi

    共著(国内のみ)

  • Structural Basis for Phosphatidylethanolamine Biosynthesis by Bacterial Phosphatidylserine Decarboxylase.,Structure (London, England : 1993),28(7) 799-809.e5,2020年07月

    Watanabe Y, Watanabe Y, Watanabe S

    共著(国内のみ)

  • Structural basis for interorganelle phospholipid transport mediated by VAT-1,JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY,295(10) 3257-3268,2020年03月

    Watanabe Yasunori, Tamura Yasushi, Kakuta Chika, Watanabe Seiya, Endo Toshiya

    共著(国内のみ)

  • Structural insights into the catalytic and substrate recognition mechanisms of bacterial l-arabinose 1-dehydrogenase.,FEBS letters,593(11) 1257-1266,2019年06月

    Watanabe Y, Iga C, Watanabe Y, Watanabe S

    共著(国内のみ)

  • Crystal structure of substrate-bound bifunctional proline racemase/hydroxyproline epimerase from a hyperthermophilic archaeon.,Biochemical and biophysical research communications,511(1) 135-140,2019年03月

    Watanabe Y, Watanabe S, Itoh Y, Watanabe Y

    共著(国内のみ)

  • Structural Studies of Selective Autophagy in Yeast,Methods in Molecular Biology,2019年01月

    Akinori Yamasaki, Yasunori Watanabe, Nobuo N. Noda

    共著(国内のみ)

  • PS脱炭酸酵素による生体膜リン脂質の生合成機構の解明,公益財団法人上原記念生命科学財団 研究報告集,33 187,2019年

    渡邊 康紀

    単著

  • Inactivation of cardiolipin synthase triggers changes in mitochondrial morphology.,FEBS letters,2017年12月

    Matsumura A, Higuchi J, Watanabe Y, Kato M, Aoki K, Akabane S, Endo T, Oka T

    共著(国内のみ)

  • Expression of mammalian mitochondrial F-1-ATPase in Escherichia coli depends on two chaperone factors, AF1 and AF2,FEBS OPEN BIO,6(12) 1267-1272,2016年12月

    Toshiharu Suzuki, Naoya Iida, Junko Suzuki, Yasunori Watanabe, Toshiya Endo, Toru Hisabori, Masasuke Yoshida

    共著(国内のみ)

  • Phosphatidylserine transport by Ups2-Mdm35 in respiration-active mitochondria,JOURNAL OF CELL BIOLOGY,214(1) 77-88,2016年07月

    Non Miyata, Yasunori Watanabe, Yasushi Tamura, Toshiya Endo, Osamu Kuge

    共著(国内のみ)

  • Structural Basis for Receptor-Mediated Selective Autophagy of Aminopeptidase I Aggregates,CELL REPORTS,16(1) 19-27,2016年06月

    Akinori Yamasaki, Yasunori Watanabe, Wakana Adachi, Kuninori Suzuki, Kazuaki Matoba, Hiromi Kirisako, Hiroyuki Kumeta, Hitoshi Nakatogawa, Yoshinori Ohsumi, Fuyuhiko Inagaki, Nobuo N. Noda

    共著(国内のみ)

  • Structural Basis of the Differential Function of the Two C. elegans Atg8 Homologs, LGG-1 and LGG-2, in Autophagy,MOLECULAR CELL,60(6) 914-929,2015年12月

    Fan Wu, Yasunori Watanabe, Xiang-Yang Guo, Xin Qi, Peng Wang, Hong-Yu Zhao, Zheng Wang, Yuko Fujioka, Hui Zhang, Jin-Qi Ren, Tian-Cheng Fang, Yu-Xian Shen, Wei Feng, Jun-Jie Hu, Nobuo N. Noda, Hong Zh...

    共著(海外含む)

  • Structural and mechanistic insights into phospholipid transfer by Ups1-Mdm35 in mitochondria,NATURE COMMUNICATIONS,6 7922,2015年08月

    Yasunori Watanabe, Yasushi Tamura, Shin Kawano, Toshiya Endo

    共著(国内のみ)

  • Structure-based Analyses Reveal Distinct Binding Sites for Atg2 and Phosphoinositides in Atg18,JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY,287(38) 31681-31690,2012年09月

    Yasunori Watanabe, Takafumi Kobayashi, Hayashi Yamamoto, Hisashi Hoshida, Rinji Akada, Fuyuhiko Inagaki, Yoshinori Ohsumi, Nobuo N. Noda

    共著(国内のみ)

  • Selective Transport of alpha-Mannosidase by Autophagic Pathways STRUCTURAL BASIS FOR CARGO RECOGNITION BY Atg19 AND Atg34,JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY,285(39) 30026-30033,2010年09月

    Yasunori Watanabe, Nobuo N. Noda, Hiroyuki Kumeta, Kuninori Suzuki, Yoshinori Ohsumi, Fuyuhiko Inagaki

    共著(国内のみ)

  • Crystallization of Saccharomyces cerevisiae alpha-mannosidase, a cargo protein of the Cvt pathway,ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS,65(Pt 6) 571-573,2009年06月

    Yasunori Watanabe, Nobuo N. Noda, Kazuya Honbou, Kuninori Suzuki, Yasuyoshi Sakai, Yoshinori Ohsumi, Fuyuhiko Inagaki

    共著(国内のみ)

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著書

  • Mechanism of cargo recognition during selective autophagy,InTech,2012年03月

    Watanabe Y, Noda NN

総説・解説記事

  • Crystal structures of the Ups1-Mdm35 complex Reveal the Mechanism of Phospholipid Transfer in Mitochondria,Photon Factory Highlights 2015,50-51,2016年

    Yasunori Watanabe, Toshiya Endo

  • 選択的なオートファジーに機能する線虫におけるAtg8のホモログLGG-1とLGG-2の構造および機能の違い,ライフサイエンス新着論文レビュー(First Author's),2016年

    渡邊 康紀,野田 展生

学術関係受賞

  • 愛媛大学生物科学奨励賞,2019年10月,その他,愛媛大学,渡邊 康紀

  • 若手優秀発表賞,2015年12月,その他,BMB2015,渡邊 康紀

科研費(文科省・学振)獲得実績

  • 基盤研究(B),2023年04月 ~ 2024年03月,Atg15リパーゼの選択的オルガネラ膜分解機構の構造生化学的解析

  • 基盤研究(C),2022年04月 ~ 2025年03月,Sfh4-Psd2複合体によるオルガネラ間リン脂質輸送機構の構造基盤解明

    構造生物化学関連

  • 若手研究,2020年04月 ~ 2022年03月,ホスファチジルセリン脱炭酸酵素による生体膜リン脂質生合成機構の構造生物学的解明

  • 若手研究(B),2016年04月 ~ 2018年03月,小胞体-ミトコンドリア間のリン脂質輸送タンパク質VAT-1の構造機能解析

  • 特別研究員奨励費,2014年04月 ~ 2017年03月,ミトコンドリア膜間のリン脂質輸送機構の構造生物学的解明

  • 特別研究員奨励費,2010年 ~ 2012年,選択的オートファジーの積荷認識機構の解明

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その他競争的資金獲得実績

  • 公益財団法人発酵研究所2021年度若手研究者助成,2021年04月 ~ 2023年03月,植物病原細菌の感染プロセスに重要なホスファチジルコリン生合成機構の構造基盤解明

    民間財団等

  • 2020年度小野医学研究奨励助成,2021年03月 ~ 2022年03月,新規ミトコンドリア病治療薬開発を指向したリン脂質合成酵素PISDの成熟化機構解明

    民間財団等

  • 公益財団法人持田記念医学薬学振興財団2020年度研究助成金,2020年12月 ~ 2021年12月,ヒト由来PISDの成熟化機構の構造基盤と新規ミトコンドリア病治療薬開発への応用

    民間財団等

  • 2019年度日揮・実吉奨学会研究助成金,2019年09月 ~ 2020年08月,生体膜主要リン脂質ホスファチジルエタノールアミン生合成機構の構造生物学的解明

    民間財団等

  • 公益財団法人上原記念生命科学財団平成29年度研究奨励金,2018年01月 ~ 2019年04月,PS脱炭酸酵素による生体膜リン脂質の生合成機構の解明

    民間財団等

研究発表

  • 第63回日本脂質生化学会,国内会議,2021年06月,PE生合成を担うPS脱炭酸酵素の構造機能解析,口頭発表(一般)

  • 第93回日本生化学会大会,国内会議,2020年08月,ホスファチジルセリン脱炭酸酵素の結晶構造が解き明かす生体膜リン脂質生合成機構,その他

  • 第20回日本蛋白質科学会年会,国内会議,2020年07月,Crystal Structures of Phosphatidylserine Decarboxylase Reveal the Basis of Phosphatidylethanolamine Biosynthesis,その他

  • 日本農芸化学会2020年度大会,国内会議,2020年03月,ホスファチジルセリン脱炭酸酵素の結晶構造から明らかになった生体膜リン脂質生合成機構,その他

  • 日本農芸化学会中四国支部第37回市民フォーラム,国内会議,2019年10月,タンパク質を「見る」研究-タンパク質の精巧な働きをそのかたちから理解する-,口頭発表(招待・特別)

  • 第10回愛媛微生物学ネットワーク・フォーラム,国内会議,2019年10月,細菌由来ホスファチジルセリン脱炭酸酵素による生体膜リン脂質生合成機構の構造基盤,口頭発表(招待・特別)

  • 第19回日本蛋白質科学会年会,国内会議,2019年06月,ホスファチジルセリン脱炭酸酵素による生体膜主要リン脂質生合成機構の構造基盤,ポスター発表

  • 2017年度生命科学系学会合同年次大会,国内会議,2017年12月,VAT-1による小胞体-ミトコンドリア間リン脂質輸送の構造的および機構的洞察,口頭発表(一般)

  • 第17回日本蛋白質科学会年会,国内会議,2017年06月,VAT-1による小胞体-ミトコンドリア間のリン脂質輸送の構造基盤,ポスター発表

  • 第39回日本分子生物学会年会,国内会議,2016年11月,小胞体-ミトコンドリア間のリン脂質輸送タンパク質VAT-1の構造機能解析,ポスター発表

  • Molecular Biophysics of Membranes FASEB Science Research Conferences.,国際会議,2016年07月,Structural basis of phospholipid transfer between the mitochondrial outer and inner membranes by Ups1-Mdm35,ポスター発表

  • BMB2015,国内会議,2015年12月,Ups1-Mdm35複合体の結晶構造から明らかになったミトコンドリア膜間のリン脂質輸送機構,口頭発表(一般)

  • 第15回日本蛋白質科学会年会,国内会議,2015年06月,Ups1-Mdm35複合体によるミトコンドリア膜間のリン脂質輸送機構の構造生物学的解明,ポスター発表

  • 第37回日本分子生物学会年会,国内会議,2014年11月,Ups1-Mdm35複合体によるミトコンドリア膜間部のリン脂質輸送機構の解明,ポスター発表

  • 第87回日本生化学会大会,国内会議,2014年10月,ミトコンドリア膜間部におけるリン脂質輸送タンパク質Ups1-Mdm35複合体の構造機能解析,ポスター発表

  • 第14回日本蛋白質科学会年会,国内会議,2014年06月,ミトコンドリア膜間部でリン脂質輸送を担うUps1-Mdm35複合体の構造機能解析,ポスター発表

  • 第86回日本生化学会大会,国内会議,2013年09月,選択的オートファジーにおける積荷認識機構の構造基盤,口頭発表(一般)

  • 第85回日本生化学会大会,国内会議,2012年12月,構造に基づいた解析により明らかとなったAtg18のAtg2及びイノシトールリン脂質との異なる結合領域,口頭発表(一般)

  • The 6th International Symposium on Autophagy,国際会議,2012年10月,Structure of Ams1-Atg34 complex reveals the mechanism of Ams1 recognition during selective autophagy,ポスター発表

  • 第34回日本分子生物学会年会,国内会議,2011年12月,線虫Caenorhabditis elegansのAtg8ホモログLGG-1の構造生物学的研究,ポスター発表

  • 第10回日本蛋白質科学会年会,国内会議,2010年06月,選択的オートファジー受容体の立体構造から明らかとなった積荷認識の特異性,ポスター発表

  • The 5th International Symposium on Autophagy,国際会議,2009年09月,Structural and functional analyses of Atg19, the receptor protein for the Cvt pathway,ポスター発表

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担当授業科目

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