基本情報

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木ノ内 誠

KINOUCHI Makoto


職名

准教授

メールアドレス

メールアドレス

研究室電話

0238-26-3363

研究室FAX

0238-26-3363

ホームページ

http://ei4web.yz.yamagata-u.ac.jp/~kinouchi/

専門分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

  • バイオインフォマティクス

出身大学 【 表示 / 非表示

  • 慶應義塾大学  理工学部  電気工学科

    1994年03月,卒業

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 慶應義塾大学  理工学研究科  電気工学専攻

    博士課程,1999年03月,修了

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(工学),慶應義塾大学,1999年03月

  • 修士(工学),慶應義塾大学,1996年03月

所属学会・委員会 【 表示 / 非表示

  • IEEE

  • 日本バイオインフォマティクス学会

  • 日本化学会

 

研究テーマ 【 表示 / 非表示

  • 自己組織化マップを用いた遺伝子の解析,
    DNA配列からのtRNA遺伝子の検出,
    DNA塩基配列の周期性解析

研究経歴 【 表示 / 非表示

  • ニューラルネットワークに関する研究,1994年04月 ~ 1999年03月

    ニューラルネットワークに関する研究

  • DNA塩基配列からのtRNA遺伝子の検出,1999年04月 ~ 2003年03月

    DNA塩基配列からのtRNA遺伝子の検出

  • 自己組織化マップを用いた遺伝子の解析,1999年04月 ~ 継続中

    自己組織化マップを用いた遺伝子の解析

  • 大腸菌におけるゲノム機能の体系的解析,1999年10月 ~ 2003年11月

    大腸菌におけるゲノム機能の体系的解析

  • DNA塩基配列の周期性解析,2000年04月 ~ 継続中

    DNA塩基配列の周期性解析

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論文 【 表示 / 非表示

  • tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts,Nucleic Acids Research,39(database) D210-D213,2010年11月

    共著

  • tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts,Nucleic Acids Research,37(database) D163-D168,2009年01月

    共著

  • Tissue oxygenation in a murine SCC VII tumor after X-ray irradiation as determined by EPR spectroscopy,Radiotherapy and Oncology,86(3) 354-360,2008年03月

    共著

  • tRNAfinder: A software system to find all tRNA genes in the DNA sequence based on the cloverleaf secondary structure,J. Computer Aided Chem.,7 116-126,2006年09月

    共著

  • Self-Organizing Map (SOM) unveils and visualizes hidden sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes,Gene,365 27-34,2006年01月

    共著

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著書 【 表示 / 非表示

  • 自己組織化マップとその応用,シュプリンガー・ジャパン,2007年07月

  • DNAチップ活用テクノロジーと応用,シーエムシー出版,2006年09月

  • 生物工学ハンドブック,コロナ社,2005年06月

  • ゲノミクス・プロテオミクスの新展開 ~生物情報の解析と応用~,エヌ・ティー・エス,2004年04月

  • Complex-Valued Neural Networks: Theories and Applications,World Scientific Publishing,2003年11月

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科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • 若手研究(B),2004年04月 ~ 2006年03月,DNA塩基配列からのtRNA遺伝子の検出

    本研究ではDNA配列中から全てのtRNA遺伝子を見つけ出すことを目的とした.ほとんどのtRNAがクローバー葉2次構造を取ることが知られており,この共通構造を出発点として,tRNA遺伝子をDNA配列上から見つけ出す.そこで,4つのステムで塩基対が成立するか否かに基づき,クローバー葉2次構造を組めるDNAの部分配列を検出する方法を確立した.さらに,アンチコドンループ中にイントロンを含む場合にもクローバー葉2次構造を検出できるようにした.クローバー葉2次構造が組める(4つのステムで塩基対が成立する)からと言って,必ずしもtRNA遺伝子ではない.既知のtRNA遺伝子の配列を自己組織化マップ(SOM)によって分類し特徴抽出を行った.この特徴に基づき,様々な絞り込みの条件を付加した.本研究で開発した手法はDNA配列から「情報的に」tRNA遺伝子を検出する方法であり,絞り込みの条件は選択可能なまま残した.ウェブページ上に本手法のオンライン版を公開することによって,多くの方々に利用いただけるようにした.

 

相談に応じられる分野 【 表示 / 非表示