2023/11/30 更新

写真a

オチ ハルキ
越智 陽城
OCHI Haruki
職名
准教授
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研究分野

  • ライフサイエンス / 発生生物学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / 遺伝学

出身大学院

  • 奈良先端科学技術大学院大学  バイオサイエンス研究科  分子生物学

    博士課程,2003年03月,修了

取得学位

  • 博士(バイオサイエンス),奈良先端科学技術大学院大学,2003年03月

学外略歴

  • オレゴン大学,研究員,2003年04月 ~ 2007年12月

  • 奈良先端科学技術大学院大学,助教,2008年01月 ~ 2012年03月

  • 奈良先端科学技術大学院大学,研究員,2012年04月 ~ 2013年01月

所属学会・委員会

  • 日本分子生物学会

  • 日本発生学会

  • 国際発生生物学会

  • 日本動物学会

  • アメリカ細胞生物学会

 

研究テーマ

  • 1. 組織の器官形成と再生における遺伝子発現調節メカニズムの研究
    2. 遺伝子発現調節メカニズムの進化の研究

論文

  • Spontaneous neoplasia in the western clawed frog <i>Xenopus tropicalis</i>.,microPublication biology,2020 ,2020年08月

    Suzuki M, Igawa T, Suzuki N, Ogino H, Ochi H

    単著

  • Regeneration enhancers: A clue to reactivation of developmental genes,Development, Growth & Differentiation,2020年

    Nanoka Suzuki, Haruki Ochi

    共著(国内のみ)

  • Comparative analysis demonstrates cell type-specific conservation of SOX9 targets between mouse and chicken,Scientific Reports ,2019年08月

    Yamashita S, Kataoka K, Yamamoto H, Kato T, Hara S, Yamaguchi K, Renard-Guillet C, Katou Y, Shirahige K, Ochi H, Ogino H, Uchida T, Inui M, Takada S, Shigenobu S, Asahara H.

    共著(国内のみ)

  • Arid3a regulates nephric tubule regeneration via evolutionarily conserved regeneration signal-response enhancers,ELIFE,8 ,2019年01月

    Suzuki Nanoka, Hirano Kodai, Ogino Hajime, Ochi Haruki

    共著(国内のみ)

  • Environmental Oxygen Exposure Allows for the Evolution of Interdigital Cell Death in Limb Patterning,Developmental Cell ,2019年

    Cordeiro IR, Kabashima K, Ochi H, Munakata K ,Nishimori C, Laslo M, Hanken J, Tanaka M.

    共著(海外含む)

  • Asymmetrically reduced expression of hand1 homeologs involving a single nucleotide substitution in a cis-regulatory element,Developmental Biology ,2017年

    Ochi H, Suzuki N, Kawaguchi A, Ogino H

    共著(国内のみ)

  • cyclin-dependent kinase inhibitors are fragile in Xenopus,Developmental Biology ,2017年

    Tanaka T, Ochi H, Takahashi S, Ueno N, Taira M

    共著(国内のみ)

  • Conservatism and variability of gene expression profiles among homeologous transcription factors in Xenopus laevis,Developmental Biology,2017年

    Watanabe M, Yasuoka Y, Mawaribuchi S, Kuretani A, Ito M, Kondo M, Ochi H, Ogino H, Fukui M, Taira M, Kinoshita T

    共著(海外含む)

  • Reactivation of larval keratin gene (krt62L) in blastema epithelium during Xenopus froglet limb regeneration,Developmental Biology ,2017年

    Satoh A, Mitogawa K, Saito N, Suzuki M, Suzuki KT, Ochi H, Makanae A:

    共著(海外含む)

  • Co-accumulation of cis-regulatory and coding mutations during the pseudogenization of the Xenopus laevis homoeologs six6L and six6S,Developmental Biology,2017年

    3. Ochi H, Kawaguchi A, Tanouchi M, Suzuki N, Kumada T, Iwata Y, Ogino H:

    共著(国内のみ)

  • Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis,Nature,2016年

    Session AM, Uno Y, Kwon T, Chapman JA, Toyoda A, Takahashi S, Fukui A, Hikosaka A, Suzuki A, Kondo M, van Heeringen SJ, Quigley I, Heinz S, Ogino H, Ochi H, Hellsten U, Lyons JB, Simakov O, Putnam N, ...

    共著(海外含む)

  • A Novel Cysteine Knot Protein for Enhancing Sperm Motility That Might Facilitate the Evolution of Internal Fertilization in Amphibians,PLoS ONE,2016年

    Yokoe M, Takayama-Watanabe E, Saito Y, Kutsuzawa M, Fujita K, Ochi H, Nakauchi Y, Watanabe A

    共著(国内のみ)

  • Identification of distal enhancers for Six2 expression in pronephros.,International Journal of Developmental Biology,2015年

    Suzuki, S, Hirano, K, Ogino, H, Ochi H

    単著

  • Six1 is a key regulator of the developmental and evolutionary architecture of sensory neurons in craniates.,BMC Biol. ,2014年

    3. Yajima, H., Suzuki, M., Ochi, H., Ikeda, K., Sato, S., Yamamura, KI., Ogino, H., Ueno, N. and *Kawakami, K.,

    単著

  • Transcriptional regulators in the Hippo signaling pathway control organ growth in Xenopus tadpole tail regeneration,Developmental Biology,2014年

    10. Hayashi S, Ochi H, Ogino H, Kawasumia A, Kameid Y, Tamura K, Yokoyama H

    共著(国内のみ)

  • Evolution of a tissue-specific silencer underlies divergence in the expression of Pax2 and Pax8,Nature Communications,2012年04月

    Ochi, H., Tamai, T., Nagano, H., Kawaguchi, A., Sudou, N. and Ogino, H.

    単著

  • Transcription factors involved in lens development from the preplacodal ectoderm,Dev. Biol.,2012年01月

    Ogino, H., Ochi, H., Reza, H. M., and Yasuda, K.

    共著(海外含む)

  • Co-expression of the H3K27 demethylases, JMJD3 and UTX, with the H3K27 methylase, EZH2, during Xenopus embryonic development,Int. J. Dev. Biol,2012年01月

    Kawaguchi, A., Ochi, H., Okano, M., Sudou, N. and Ogino, H

    共著(海外含む)

  • Comparative genomics-based identification and analysis of cis-regulatory elements,Xenopus Protocols Post-Genomic Approaches Methods in Molecular Biology,2012年

    Ogino H, Ochi H, Uchiyama C, Louie S, Grainger RM

    共著(海外含む)

  • Different requirement for Wnt/β-catenin signaling in limb regeneration of larval and adult Xenopus,PLoS ONE,2011年06月

    Yokoyama, H., Maruoka, T., Ochi, H., Aruga, A., Ohgo, S., Ogino, H. and Tamura, K.

    共著(海外含む)

  • Photoporation of biomolecules into single cells in living vertebrate embryos induced by a femtosecond laser amplifier,PLoS ONE,2011年06月

    Hosokawa, Y., Ochi, H., Iino, T., Hiraoka, A. and Tanaka, M.

    共著(海外含む)

  • Conserved expression of mouse Six1 in the pre-placodal region (PPR) and identification of an enhancer for the rostral PPR,Dev. Biol,2010年06月

    Sato, S., Ikeda, K., Shioi, G., Ochi, H., Ogino, H., Yajima, H. and Kawakami, K.

    共著(海外含む)

  • Hetrochronical shift in Hox-mediated activation of Sonic hedgehog led to the morphological changes during vertebrate fin evolution,PloS ONE,2009年06月

    Sakamoto, K., Onimaru, K., Munakata, K., Suda, N., Tamura, M., Ochi, H. and Tanaka, M

    共著(海外含む)

  • Resources and transgenesis techniques for functional genomics in Xenopus,Dev. Growth. Differ.,2009年06月

    Ogino, H. and Ochi, H.

    共著(海外含む)

  • Lbx2 regulates formation of myofibrils,BMC Dev. Biol,2009年06月

    Ochi, H. and Westerfield, M.

    共著(海外含む)

  • Smarcd3 regulates zebrafish myogenesis onset, J. Biol. Chem.,2008年06月

    Ochi, H., Hans, S. and Westerfield, M.

    共著(海外含む)

  • Signaling networks that regulate muscle development: lessons from zebrafish,Dev. Growth. Differ.,2007年06月

    Ochi, H. and Westerfield, M.

    共著(海外含む)

  • Hhip regulates zebrafish muscle development by both sequestering Hedgehog and modulating localization of Smoothened,Dev. Biol.,2006年06月

    Ochi, H., Pearson, B. J., Chuang, P., Hammerschmidt, M. and Westerfield, M.

    共著(海外含む)

  • Temporal expression of L-Maf and RaxL in developing chicken retina are arranged into mosaic pattern,Gene Expr. Patterns.,2004年12月

    Ochi, H., Sakagami, K., Ishii, A., Morita, N., Nishiuchi, M., Ogino, H. And Yasuda, K.

    共著(海外含む)

  • The stability of the lens-specific Maf protein is regulated by fibroblast growth factor (FGF)/ERK signaling in lens fiber differentiation, J. Biol. Chem.,2003年01月

    Ochi, H., Ogino, H., Kageyama, Y. and Yasuda, K.

    共著(海外含む)

  • Cytochrome P450 1A1 cDNA from freshwater teleost medaka (Oryzias latipes)and induction of mRNA by 3-methylcholanthrene in various organs,Environmental Sciences,2002年06月

    Itakura, T, Mahata, S, Hirano, M, Ochi, H. and Ogino, Y.

    共著(海外含む)

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著書

  • ヒストン脱メチル化因子Jmjd3による眼形成遺伝子Pax6の発現制御,21世紀の遺伝学(XI) GSJコミュニケーションズ ,2015年

    川口茜、越智陽城、須藤則広、荻野肇

  • 発現調節配列の変化を探る,生命誌研究館,2014年01月

    越智 陽城

  • Differential use of paralogous genes via evolution of cis-regulatory elements for divergent expression specificities,,Springer,2014年

    Ochi, H., Kawaguchi, A. and Ogino, H.

  • Methods in Molecular Biology, Xenopus Protocols, 2nd edition: Post-Genomic Approaches,Humana press,2012年12月

    Ogino, H., Ochi, H., Uchiyama, C., Louie, S. and Grainger, R. M.

  • ゲノムからの情報発現,シュプリンガーフェアラーク東京 ,2002年12月

    安田國雄、吉田智則、越智陽城

総説・解説記事

  • 腎尿細管再生のライブイメージングによる幹細胞の同定と再生促進剤の創出への展望,(公財)鈴木謙三記念医科学応用研究財団,医科学応用研究財団研究報告,37 152-155,2020年02月

    越智 陽城

学術関係受賞

  • 平成29年度 日本動物学会 奨励賞,2017年09月,日本国,日本動物学会,越智陽城

  • 第45回日本発生生物学会 第64回日本細胞生物学会 合同大会 若手優秀ポスター賞,2012年05月,日本国,第45回日本発生生物学会 第64回日本細胞生物学会 合同大会,越智 陽城

科研費(文科省・学振)獲得実績

  • 基盤研究(C),2022年04月 ~ 2025年03月,パイオニア転写因子による再生エンハンサーのプライミング機構

    発生生物学関連

  • 基盤研究(C),2022年04月 ~ 2023年03月,スーパーエンハンサーによるオオノログ進化運命の拘束機構の研究

  • 基盤研究(C),2019年04月 ~ 2022年03月,腎尿細管の再生を可能とさせる非コードDNAランドスケープの全容解明

    発生生物学関連

  • 基盤研究(C),2019年04月 ~ 2022年03月,ゲノム重複に伴う発生制御遺伝子の進化とその運命決定機構の研究

  • 基盤研究(B),2018年04月 ~ 2020年03月,脊椎動物の上陸に伴う四肢での細胞死システムの確立

  • 基盤研究(B),2018年04月 ~ 2020年03月,深層学習による疾患の超早期発見を可能にする病態発症前モデルの大規模スクリーニング

  • 基盤研究(C),2016年04月 ~ 2019年03月,再生に応答して活性化するゲノム領域から迫る再生能を失うまでの進化プロセスの解明

  • 新学術領域研究(研究領域提案型),2014年04月 ~ 継続中,腎臓再生の三次元イメージングによる再生原理の解明

    三次元構造を再構築する再生原理の解明 公募班
    腎臓再生の三次元イメージングによる再生原理の解明

  • 新学術領域研究(研究領域提案型),2014年04月 ~ 継続中,脊椎動物の人工ゲノム倍化によるアダプテーション原理の解明

    ゲノムアダプテーションのシステム的理解 公募班
    脊椎動物の人工ゲノム倍化によるアダプテーション原理の解明

  • 若手研究(B),2012年04月 ~ 継続中,パラログ遺伝子間クロストークによる遺伝子発現の安定化機構

    Pax2とPax5パラログ遺伝子間でみられる遺伝子発現安定化メカニズムの解明

  • 若手研究(B),2008年04月 ~ 2013年03月,パラログ遺伝子のシス調節配列の進化と遺伝子ネットワークのフェイルセーフ機構の解析

    Pax2、Pax5、Pax8パラログ遺伝子のシス調節配列の進化と遺伝子ネットワークのフェイルセーフ機構の解析

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その他競争的資金獲得実績

  • モデル動物等研究コーディネーティングネットワークによる希少・未診断疾患の病因遺伝子変異候補の機能解析研究 分担,2020年,モデル動物等研究コーディネーティングネットワークによる希少・未診断疾患の病因遺伝子変異候補の機能解析研究 分担

    その他省庁等

  • 山形大学先進的研究拠点 (YU-COE(C)),2014年 ~ 2018年,ゲノム編集技術を使った新規研究モデル動物のリソース化拠点の形成

    山形大学

  • 山形大学国際事業化研究センター 海外研究者招聘事業,2014年,山形大学国際事業化研究センター 海外研究者招聘事業

    山形大学

  • 科学技術振興機構 テニュアトラック普及定着事業 (個人選抜型),2013年 ~ 2016年, 科学技術振興機構 テニュアトラック普及定着事業 (個人選抜型)

    その他省庁等

  • 科学技術振興機構 シーズ発掘試験,2009年04月 ~ 2010年03月,多発性嚢胞腎症の治療薬開発を支援するPKDシグナル活性評価法の開発

    科学技術振興機構

受託研究受入実績

  • 公益信託 成茂動物科学振興基 DNAメチル化を指標とした両生類の生物学的年齢表の作成,2020年 ~ 2021年,一般受託研究

  • 公益財団法人 鈴木謙三記念医科学応用研究財団 腎尿細管再生のライブイメージングによる幹細胞の同定と再生促進剤の創出への展望,2017年 ~ 2018年,一般受託研究

  • 日本科学協会 平成24年度海外発表促進助成 Paralogous enhancer: a crossover point between developmental robustness and stress response,2012年09月,日本科学協会 平成24年度海外発表促進助成,一般受託研究

  • 公益財団法人 武田科学振興財団 ライフサイエンス研究奨励 両生類と哺乳類の種差に基づいた再生エンハンサーの機能解析,2012年04月 ~ 継続中,公益財団法人 武田科学振興財団 ライフサイエンス研究奨励,その他

  • 岸本基金研究助成公益財団法人 千里ライフサイエンス振興財団 加齢によるPax2塩濃度感知型エンハンサーのエピゲノム変化と慢性腎疾患の発症の相関に関する研究,2012年01月 ~ 継続中,公益財団法人千里ライフサイエンス振興財団,一般受託研究

  • 公益財団法人 稲盛財団 水中から陸上へ – Pax2遺伝子のシス調節配列の進化による中耳獲得メカニズムの研究,2009年04月 ~ 2011年03月,稲盛財団,一般受託研究

  • 日本科学財団 笹川科学助成金 多発性嚢胞腎症の原因遺伝子PKDによるPax2遺伝子の発現調節機構の解明,2009年04月 ~ 2010年03月,日本科学財団 笹川科学助成金,その他

  • J-RDMM:モデル生物コーディネーティングネットワークによる希少・未診断疾患メカニズム解析,2020年07月 ~ 2021年03月,大学共同利用期間法人 情報システム研究機構,一般受託研究

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共同研究実施実績

  • 7. 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 個別共同利用, 研究課題: IR-LEGOによる両生類のシングルセルレベルでの遺伝子破壊法の確立,2017年,学内共同研究

  • 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 個別共同利用 両生類の前腎再生における腎管の高次構造化のイメージング,2016年,その他

  • 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 個別共同利用, 研究課題: 両生類の前腎再生課過程での遺伝子破壊を目的としたIR-LEGOの,2015年,その他

  • 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 個別共同利用 遺伝子発現の安定化機構におけるパラログ間クロストークのライブイメージング,2012年04月 ~ 2013年03月,自然科学研究機構 基礎生物学研究所 個別共同利用 (亀井 保博 准教授),国内共同研究

研究発表

  • 日本動物学会 第91回大会 2020,国際会議,2020年09月,クロマチンダイナミクスの解析から再生特異的なエンハンサーの活性化メカニズムに迫る,その他

  • 42回日本分子生物学会 特別シンポジウム 「NBRPが支える生命科学研究最前線」第4期中間年度成果報告会, 主催: ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)広報室 共催:国立研究開発法人 日本医療研究開発機構(AMED) 後援,国際会議,2019年12月,ネッタイツメガエルが教えてくれる3次元組織再生,口頭発表(招待・特別)

  • Xenopus Resources and Emerging Technologies Meeting,国際会議,2019年08月,The regulation of kidney regeneration: mechanisms of regeneration signal-response enhancer action,その他

  • 52th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists,,国際会議,2019年05月,Arid3a regulates nephric tubule regeneration through the evolutionarily conserved regeneration signal-response enhancer.,その他

  • 動物学会関東支部大会 公開シンポジウム 挑戦する両生類: カエル・イモリを使った研究の最前線,国際会議,2019年03月,再生シグナル応答エンハンサー ~活性化メカニズムと進化的保存性の意味~,その他

  • The 14th Xenopus international conference,国際会議,2012年09月,Toulon, France,Paralogous enhancers: a crossover point between developmental robustness and Stress response,ポスター発表

  • The 14th Xenopus international conference,国際会議,2012年09月,Toulon, France,Analysis of the Xenopus laevis J-strain genome by BAC end sequencing FISH, and RNA-sequence,ポスター発表

  • he 14th Xenopus international conference,国際会議,2012年09月,Toulon, France,, Evolution of a tissue-specific silencer underlies divergence in the expression of paralogues,ポスター発表

  • ISDB 71th Annual Meeting,国際会議,2012年06月,Montreal, Canada,Key regulator for development and evolutionary switch form Rohon-Beard cells to dorsal root ganglia,ポスター発表

  • The American Society for Cell Biology (ASCB) Annual Meeting,国際会議,2011年12月,Denver, Colorado, USA, Conservation and diversification of cis-regulatory mechanisms for pax2/5/8 paralog group in chordates,ポスター発表

  • The 16th International Conference of the international Society of differentiation, From Stem Cells to Organisms ,国際会議,2010年11月,Nara, Japan,Functional analysis of the histone H3K27 methyltransferase and demethylase in Xenopus embryonic developmen,ポスター発表

  • The 16th International Conference of the international Society of differentiation, From Stem Cells to Organisms ,国際会議,2010年11月,Evolution of a fail-safe regulatory system for kidney development,ポスター発表

  • EMBO Conference Series (3rd) "Molecular and Cellular basis of Regeneration and Tissue,国際会議,2010年09月,Portugal,Different involvement of Wnt/β-catenin signaling in limb regeneration of larval and adult Xenopus,口頭発表(一般)

  • 2007 Zebrafish Meeting,,国際会議,2007年06月,Amsterdam, the Netherlands,Molecular mechanisms underlying induction of myogenesis in zebrafish.,ポスター発表

  • 2006 Zebrafish Meeting,国際会議,2006年06月,Madison, USA,Baf60c, a subunit of the Chromatin remodeling factor, and Ntl cooperatively regulate early myogenesis in zebrafish.,ポスター発表

  • 2005 West coast Zebrafish Meeting,国際会議,2005年09月,Oregon, USA,Hhip regulates zebrafish muscle development by sequestering Hedgehog and promoting internalization of Smoothened,ポスター発表

  • 4th European Zebrafish Genetics and Development Meeting,国際会議,2005年06月,Doresden, Germany,Cooperation between Hhip1 and Patched regulates zebrafish skeletal muscle development.,口頭発表(一般)

  • 2002 FASEB Summer Research Conferences Transcriptional regulation during Cell Growth, Differentiation and Development,国際会議,2002年06月,FGF/ERK signaling regulates function of L-Maf, a lens differentiation factor,ポスター発表

  • Cold Spring Harbor Laboratory Meetings ‘Mechanisms of Eukaryotic Transcription’,国際会議,2001年08月,Cold Spring Harbor Laboratory, USA,Regulation of lens differentiation factor L-Maf by phosphorylation,ポスター発表

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学会・委員会等活動

  • 日本動物学会,東北支部会広報幹事,2013年 ~ 2014年

  • 日本動物学会,東北支部会庶務幹事,2015年 ~ 継続中

  • 日本動物学会,寄付委員,2018年 ~ 継続中

社会貢献活動

  • 第3回次世代両生類研究会 代表世話人,2017年

  • 第9回ツメガエル研究集会 代表世話人 ,2015年

  • 第11回関西小型魚類研究集会 世話人,2011年

    第11回関西小型魚類研究集会の世話人、司会

  • アフリカツメガエル ゲノムプロジェクト推進委員会 ,2010年 ~ 2016年

    アフリカツメガエル ゲノムプロジェクト推進委員会
    (統括:平良眞規 東京大学准教授)
    協力メンバー

  • ゲノム倍化研究会 ,2010年

    ゲノム倍化研究会
    (統括:平良眞規 東京大学准教授)  
    協力メンバー

メディア報道

  • 日本発生学会夏季シンポジウム ,2019年09月

学術貢献活動

  • 平成30年度 動物学会東北支部大会 (山形大会) 実行委員長,2018年07月

  • 第12回ツメガエル研究集会/第4回次世代両生類研究会 実行委員,2018年